V devetih desetletjih svojega delovanja je INV zbral vsebinsko bogato in nacionalno pomembno ter obsežno arhivsko gradivo; t. i. »zgodovinski« del tega gradiva je bil v zadnjih letih na novo digitalno obdelan in v skladu z Zakonom o arhivih predan Arhivu RS, kjer se v ustreznih pogojih hrani pod imenom Zbirka Inštituta za narodnostna vprašanja AS-1164.
Arhivu RS so bili poleg Časopisne dokumentacije »Avstrija, Koroška, Italija, Jugoslavija, svet (1945-1988)« predani t. i. Severni oddelek, zdaj poimenovan Avstrija – Koroška I (1905-1979) in Avstrija - Koroška II (1954-1990); arhiv Oddelka za mejna vprašanja 1945-1948, arhiva dr. Vilfana in dr. Čermelja, t. i. Zahodni oddelek (Italija) in t. i. Splošni oddelek (Avstrija, Italija, Jugoslavija, svet) ter spodaj navedeni fondi.
Seznam pomembnejših fondov:
- Koroški plebiscit 1920
- Arhiv Pisarne za zasedeno ozemlje v Ljubljani 1918-1921
- Arhiv Medzavezniške plebiscitne komisije, sekcija SHS 1920
- Arhiv Okrajnega glavarstva Borovlje 1919-1920
- Arhiv Komisije za mirovno konferenco pri narodni vladi SHS v Ljubljani 1918-1920
- Arhiv Janka Mačkovška
- Arhiv Narodnega sveta iz Velikovca
- Pariška mirovna konferenca 1947
- Arhiv Ivana Rozmana
- Arhiv dr. Josipa Vilfana
- Arhiv dr. Justa Pertota
- Arhiv Andreja Gabrščka
- Arhiv G. Golia
- Pariška konferenca 1919
- Arhiv dr. Jožeta Goričarja
- Dokumenti o fašističnim zatiranju 1918-1941
- Arhiv Znanstvenega inštituta pri SNOS-u 1941-1945
- Arhiv Znanstvenega inštituta - oddelka za obmejna vprašanja 1945-1948
- Arhiv Inštituta za narodnostna vprašanja - Primorski oddelek
- Arhiv dr. Lava Čermelja
- Dokumentarno gradivo o vojni v Bosni in slovenski pomoči (korespondenca, časopisni izrezki, fotografije ipd.) ter o prizadevanjih za mednarodno priznanje Slovenije; zbral in poklonil INV dr. ing. Peter Merkù
- Arhiv Tržaško vprašanje 1945-1954 iz Sekretariata za zunanje zadeve SFRJ v Beogradu
Arhivsko gradivo INV je tako od pomladi 2016 dostopno v Arhivu RS.