V osmih desetletjih svojega delovanja je INV uspel zbrati vsebinskobogato in nacionalno pomembno arhivsko gradivo, ki obsega okoli 500 fasciklovzgodovinskega in 200 fasciklov tekočega arhiva.
Seznam pomembnejših fondov:
- Koroški plebiscit 1920
- Arhiv Pisarne za zasedeno ozemlje v Ljubljani 1918-1921
- Arhiv Medzavezniške plebiscitne komisije, sekcija SHS 1920
- Arhiv Okrajnega glavarstva Borovlje 1919-1920
- Arhiv Komisije za mirovno konferenco pri narodni vladi SHS v Ljubljani1918-1920
- Mačkovškov arhiv
- Arhiv Narodnega sveta iz Velikovca
- Pariška mirovna konferenca 1947
- Arhiv Ivana Rozmana
- Arhiv dr. J. Vilfana
- Arhiv dr. Justa Pertota
- Arhiv Andreja Gabrščka
- Arhiv G. Golia
- Pariška konferenca 1919
- Arhiv dr. J. Goričarja
- Dokumenti o fašističnim zatiranju 1918-1941
- Arhiv Znanstvenega inštituta pri SNOS-u 1941-1945
- Arhiv Znanstvenega inštituta - oddelka za obmejna vprašanja 1945-1948
- Arhiv Inštituta za narodnostna vprašanja - Primorski oddelek
- Arhiv Lava Čermelja
- V letu 2001 smo pridobili dokumentarno gradivo o vojni v Bosni in pomoči Bosancem (korespondenca, časopisni izrezki, fotografije ipd.) ter o prizadevanjih za mednarodno priznanje Slovenije, ki ga je zbral dr. ing. Peter Merku